PKBI didirikan pada tanggal 23 Desember 1957 di Jakarta, sebagai Lembaga Swadaya Masyarakat (LSM). Perkumpulan ini berdiri dilandasi kepedulian terhadap keselamatan ibu dan anak. Gagasan ini muncul, karena para pendiri perkumpulan yaitu Dr. R Soeharto (dokter pribadi Bung Karno) bersama kawan-kawannya pada saat itu (1957) melihat angka kematian ibu dan anak sangat tinggi.

Kematian ibu cukup tinggi, pada umumnya karena pendarahan akibat seringnya melahirkan dan kematian anak juga tinggi antara lain karena proses kelahiran bayi yang kurang sehat dari akibat kehamilan yang tidak sehat, kekurangan gizi dan kurangnya perawatan pada masa kehamilan. Untuk merealisasikan cita-cita yang luhur itu maka para pendiri perkumpulan sepakat mendirikan suatu Lembaga Swadaya Masyarakat dengan nama Perkumpulan Keluarga Berencana Indonesia (PKBI)

Kemudian pada tahun 1967 PKBI menjadi anggota Federasi Keluarga Berencana Internasional yaitu IPPF (International Planned Parenthood Federation) yang berkantor pusat di London. Tahun ini juga merupakan tahun berdirinya PKBI Propinsi DIY. Awalnya PKBI DIY hanya sebagai tempat pelatihan dari PKBI pusat tetapi dalam perkembangannya PKBI DIY mampu mengembangkan program baik remaja maupun para suami/istri, dan perempuan yang belum menikah. Setelah itu berkembang lagi dengan menjangkau komunitas seperti waria, gay, pembantu rumah tangga, pekerja seks, buruh gendong, tukang becak.

Visi

Terwujudnya masyarakat yang dapat memenuhi kebutuhan Kesehatan Reproduksi (Kespro) dan Seksual serta hak-hak Kespro dan Seksual yang berkesetaraan dan berkeadilan gender.

Misi

1. Memberdayakan anak dan remaja agar mampu mengambil keputusan dan berperilaku bertanggungjawab dalam hal Kespro dan Seksual serta hak-hak Kespro dan Seksual.
2. Mendorong partisipasi masyarakat, terutama masyarakat miskin, marginal, tidak terlayani, untuk memperoleh akses, informasi, pelayanan, dan hak-hak Kespro dan Seksual yang berkualitas serta berkesetaraan dan berkeadilan jender.
3. Berperan aktif dalam mengurangi prevalensi IMS dan menanggulangi HIV/AIDS, serta mengurangi stigma dan diskriminasi terhadap ODHA dan OHIDA.
4. Memperjuangkan agar hak-hak reproduksi dan seksual perempuan diakui dan dihargai terutama berkaitan dengan berbagai alternatif penanganan kehamilan tidak diinginkan.
5. Mendapatkan dukungan dari pengambil kebijakan, stakeholder, media dan masyarakat terhadap program Kespro dan Seksual.
6. Mempertahankan peran PKBI sebagai LSM pelopor, profesional, kridibel, berkelanjutan dan mandiri dalam bidang Kespro dan Seksual serta hak-hak Kespro dan Seksual dengan dukungan relawan dan staf yang profesional.